Wanna z hydromasażem wymaga szczególnej dbałości utrzymania higieny. W celu utrzymana czystości podzespołów hydromasażu należy przeprowadzać dezynfekcję (zaleca się jej przeprowadzanie minimum raz na 30 dni).

Ważnym elementem, która wpływa na higienę wanny to orurowanie, które łączy dysze. Karbowane, elastyczne po pewnym okresie użytkowania pozostaje woda w szczelinach, która może nieść nieprzyjemny zapach.

Firma Belhydro używa sztywnego niekarbowanego orurowania, a dysze ułożone są w taki sposób, że po spuszczeniu wody z orurowania wylewa się woda. W przypadku dysz powietrznych należy manualnie osuszyć system powietrzy (poprzez załączenie hydromasażu powietrznego na ok 30s), natomiast w  systemach prestiż hydromasaż wyposażony jest w automatyczne osuszanie hydromasażu powietrznego.